Dalam mendukung dan mengembangkan kualitas akademik, mahasiswa PSEI difasilitasi wadah untuk pengembangan intelektual dan akademik melalui wadah berikut:
Forum Kajian Ekonomi Islam (FKEI) merupakan wadah organisasi mahasiswa yang bergerak dibidang kajian ekonomi Islam dan merupakan salah satu anggota dari Forum Silaturahim Studi Ekonomi Islam (FoSSEI) dalam bentuk KSEI baik dalam skala regional maupun nasional.
Pusat Kajian dan Konsultasi Ekonomi Islam (PK2EI) mempunyai ruang lingkup kegiatan yang mendukung serta memfasilitasi dosen dan mahasiswa dalam bentuk kajian-kajian, riset/penelitian, pengabdian masyarakat, dakwah Islamiyah, dan konsultasi ekonomi Islam, serta kegiatan lainnya, baik yang bersifat akademik maupun non-akademik, untuk menunjang kinerja program studi ekonomi Islam FIAI UII.
Masyarakat Ekonomi Syariah (MES) adalah organisasi independen, dan tidak terafiliasi dengan salah satu partai politik atau Ormas tertentu, namun harus tetap menjalin kerjasama agar dapat diterima semua pihak. Alhamdulillah, dengan segala aktifitasnya, MES telah mendapat pengakuan di semua kalangan masyarakat, baik dari kalangan ulama, praktisi, akademisi, pemerintah dan legislatif baik di dalam maupun luar negeri.
Ikatan Ahli Ekonomi Islam Indonesia (IAEI) adalah organisasi para akademisi dan praktisi untuk melakukan pengkajian, pengembangan, pendidikan dan sosialisaasi Ekonomi Islam. IAEI dideklarasikan pada tanggal 3 Maret 2004 di Kampus Universitas Indonesia Salemba, setelah sehari sebelumnya menyelenggarakan Konvensi Nasional Ekonomi Islam di Istana Wakil Presiden RI, Jakarta.
JIELariba
Journal of Economic Lariba Islam (JIE Lariba) adalah jurnal dengan akses terbuka secara online yang menerbitkan artikel dan makalah secara enam bulanan yang memberikan kontribusi pada pengembangan teori dan praktek metode penelitian yang digunakan di seluruh bidang Ekonomi Islam, Islam, Keuangan Publik Islam, Islam Etika Bisnis, dan lainnya yang relevan dalam studi Keuangan Ekonomi Islam dan. Sejak tahun 2015, JIE Lariba telah menjadi wajah baru dari Jurnal Ekonomi Islam La_riba sebagai upaya baru untuk menyesuaikan dengan manajemen jurnal di Open Journal System (OJS), yang digunakan dunia secara luas dan juga mempermudah penulis untuk menerbitkan dan untuk melacak artikel dikutip . JIE Lariba juga dilengkapi dengan DOI (Digital Object Identifier) sistem, sistem yang menyediakan cara untuk mengidentifikasi bahan terkait seperti artikel yang dikumpulkan pada tingkat minimum metadata yang terkait untuk memungkinkan penyediaan layanan yang efisien otomatis seperti melihat-up dari DOI dari data bibliografi, kutipan menghubungkan, dan sebagainya.